Fitosanitar müayinələr zamanı milli və beynəlxalq qanunvericilikdə fitosanitar karantin obyektləri və ya materialları adı altında qəbul edilən - bütün növ bitki və bitkiçilik məhsulları, ədviyyatlar, toxumlar, şitillər, köklər, sporlar, tinglər, soğanaqlar, calaq və calaqaltılar, güllər, dibçək gülləri canlı göbələklər, bakteriyalar, viruslar, nematodlar, gənələr, həşəratlar və bitki xəstəliklərinin törədiciləri və onların kolleksiyaları, suvarma suyu, torf, kompost, digər üzvi gübrələr, torpaq və torpaq monolitləri , bütün növ qab, qablaşdırma materialları, kənd təsərrüfatı avadanlıqları və digər bu kimi vasitələr analiz edilir. Fitosanitar müayinələr zamanı entomoloji, herboloji, fitohelmintoloji, virusoloji, bakterioloji və mikoloji müayinələr təşkil edilməklə fitosanitar karantin obyektləri və ya materiallarının zərərli orqanizmlərlə sirayətlənib- sirayətlənməmələri, sirayətlənmə zamanı zərərli orqanizmlərin diaqnostikası (karantin tətbiq edilən, karantin tətbiq edilməyən və ya xüsusi təhlükəli zərərli orqanizm) həyata keçirilir. Eyni zamanda klinikaya təqdim edilən zərərli və faydalı orqanizmlərin müayinəsi aparılır. Həmçinin məhsulların fiziki, orqonoleptik müayinələri aparılır. Toksikoloji müayinələr zamanı bitki və bitkiçilik məhsullarında (qurudulmuş, konservləşdirilmiş, dondurulmuş, soyudulmuş məhsullar da daxil olmaqla), torpaqda, suvarma və digər sularda, içkilərdə, eləcə də torpaqda pestisidlərin, ağır metalların, nitrit və nitritlərin qalıq miqdarının, fiziki, kimyəvi, orqonoleptik göstəricilərinin, həmçinin aflotoksinin təyini həyata keçirilir. Gübrə və bitki mühafizə vasitələrinin müayinələri zamanı gübrələrin, pestisidlərin, boy stimulyatorlarının, desikantların, defolyantların, canlı faydalı orqanizmlərin və texniki vasitələrin müayinəsi həyata keçirilir. Gübrə və bitki mühafizə vasitələrinin müayinələri zamanı onların standartlara uyğunluğu, normaları, tərkib göstəriciləri və keyfiyyətləri müəyyənləşdirilməklə bitki, qida, insan və ətraf mühit amillərinə təsiri qiymətləndirilir. Klinika müalicə, mübarizə və zərərsizləşdirmə metodlarını müəyyən edir və həyata keçirilməsini təşkil edir.
